Odmianą filtru zewnętrznego jest filtr, w którym materiały filtracyjne znajdują się w specjalnym pojemniku. Ten rodzaj filtru jest częściej stosowany ze względu na łatwiejsze czyszczenie. Czyszczenie filtrów zewnętrznych dokonujemy (nie rzadziej niż raz na kwartał) wyjmując z obudowy lub pojemnika i wyrzucając zużyte mateiały filtracyjne. Jedynie żwir i watę nylonową można oczyścić sposobem podanym w opisie filtra wewnętrznego. W przypadku używania zmiękczacza można go zregenerować (p. rozdział „Woda"). Po dokładnym umyciu wszystkich szklanych części układamy materiały filtracyjne i ponownie uruchamiamy filtr. Należy przestrzec przed używaniem waty szklanej jako warstwy filtracyjnej. Drobniutkie igiełki szklane, wymyte z filtru i unoszące się w wodzie akwaryjnej wbijają się w skrzela i skórę ryby akwariowe powodując owrzodzenia i stany zapalne skóry.
Filtry zewnętrzne
